本发明属于电力系统时间同步技术领域，公开了一种用于分布式资源入网的北斗卫星对时同步方法及系统；其中，所述北斗卫星对时同步方法包括：获取分布式资源入网时各聚合控制单元采用北斗卫星对时系统对时后的残差；基于聚合控制单元对应的残差、重要度和稳定性，分别对各聚合控制单元进行加权性能评估；基于获得的各聚合控制单元的评分结果，获取评分最高的聚合控制单元的本地时钟信号并作为主时钟；利用白兔时间同步协议对其余各聚合控制单元进行时钟同步。本发明提供的技术方案能够对分布式资源接入网络时的各聚合控制单元的残差进行处理，为分布式资源接入网络提供高精度的时间基准。