本发明涉及一种基于体素的土方工程施工进度追踪方法、设备、存储介质，方法包括如下步骤：获取施工现场不同时刻的两个点云模型，作为参考模型和目标模型；将参考模型和目标模型进行对齐并分别进行体素化处理；针对参考模型中的每一个体素x，以体素x的中心点坐标为圆心，在目标模型中通过计算体素x与候选体素的差异因子筛选出差异因子大于1的体素作为候选体素，构建差异模型；构建将差异模型包裹在内的球面，以球面任意点对差异模型扫描得到深度图，基于深度图完成差异模型的重建；基于差异模型实现土方工程施工进度追踪。与现有技术相比，本发明具有改善施工进度追踪可视化的速度、简化差异模型的构建等优点。