本发明涉及禽畜圈舍消毒净化技术领域，提出了一种用于禽畜圈舍的负离子消毒净化系统，该系统包括若干个设置于禽畜圈舍的围栏上的负离子消毒净化器，每个负离子消毒净化器，具体包括：水合负离子通道、水雾射流产生装置和水合负离子射流产生装置。本发明通过利用水雾射流产生装置产生水雾射流，利用水合负离子射流产生装置在水雾射流形成的水雾环境中产生水合负离子并进行输出排放，以对空气中悬浮的微粒进行极化与沉降，并对禽畜圈舍内氨气、硫化氢等气体进行分解，提高禽畜圈舍的环境完全；同时，还通过消毒净化控制终端控制若干个负离子消毒净化器执行最适配禽畜圈舍和当前环境的消毒净化动作，在保证消毒效果的同时降低能源消耗。