本发明公开了一种海岛棉枯萎病功能基因GbWAKL14的分子标记及其应用。本发明属于生物技术领域，具体涉及海岛棉枯萎病功能基因GbWAKL14的分子标记及其应用。本发明的分子标记为序列表中序列2的第125‑157位的DNA分子，利用检测海岛棉基因组中分子标记的多态性或基因型的物质，可以应用在如下方面：(1)鉴定或辅助鉴定海岛棉枯萎病抗性；(2)海岛棉育种；(3)制备鉴定或辅助鉴定海岛棉枯萎病抗性的产品；(4)制备海岛棉育种的产品。