本发明公开了一种城市独立坐标系最佳椭球参数的确定方法及系统，首先利用多种方法确定区域性椭球，并将测区控制点的CGCS2000坐标转换至多种独立坐标系后进行高斯投影，得到高斯平面坐标；通过分析比较选出最佳的两种区域性椭球参数确定方法，对两种最佳方法确定的椭球参数进行多维度加权平均得到多种定权方案，并进行坐标转换得到不同定权方案对应的新椭球参数下的高斯平面坐标；将各加权方案确定的椭球参数得到的高斯平面坐标以两种最佳方法确定椭球参数对应的坐标为参照，计算差值的均方根，将均方根最小的定权方案对应的椭球参数作为最终的最佳区域性椭球参数。本发明能够确定出各城市最适合的椭球参数，从而最大程度上限制投影变形。