本发明提供一种基于共钟的GNSS信号畸变偏差校正方法与系统，属于卫星信号处理技术领域，包括：将需要进行信号畸变偏差标校的接收机两两组合，连接到同一时钟模块，形成多条零基线，再利用共钟的零基线作站间单差消除几何距离相关误差，基于一定的约束条件，以其中一台接收机作为参考，校正另一台接收机，最后将所有接收机的信号畸变偏差校正到同一基准上。本发明通过共钟零基线方法进行卫星接收机端的信号畸变偏差校正，具有数据处理算法简单、不依赖高精度卫星轨道钟差等产品、消除了接收机钟差和大气延迟等误差对信号畸变偏差校正影响的特点，提高了信号畸变偏差的校正精度。