本发明提供一种多模块项目编译的优化方法、系统、设备及存储介质，涉及多模块项目编译优化领域，所述方法流程为：获取项目相关的字节输入流，并且对字节输入流进行读取；对于每一行字节输入流：如果字节输入流为模块行，则获取字节输入流对应的模块信息，以构建模块集合；如果字节输入流为依赖关系行，则获取字节输入流对应的依赖关系信息，以构建依赖关系集合；基于模块集合和依赖关系集合构建模块依赖关系图，基于模块依赖关系图对多模块项目进行编译优化。本发明通过对项目相关的模块信息以及依赖关系信息进行图形化设置，生成一个直观的模块依赖关系图，通过模块依赖关系图能够对多模块项目编译进行纠正或者补全，实现多模块编译优化。