本发明公开了一种具有双主控模块的安全计算机系统。该系统包括主控模块以及副主控模块；其中，主控模块与副主控模块通过内部安全总线进行通信；主控模块用于与副主控模块以及多个第一外部设备进行数据交互，并根据交互数据，执行第一类控制功能；副主控模块用于与主控模块以及多个第二外部设备进行数据交互，并根据交互数据，执行第二类控制功能。采用上述技术方案，能够为主控模块分担算力，有效提高安全计算机系统的运算速度，增强了处理通信数据的实时性，主控模块以及副主控模块两者功能划分清晰明确，降低了软件复杂性，一定程度上也降低了安全计算机系统的故障概率。