本发明公开了一种基于退化生态区的生物多样性恢复协同优化调控方法，涉及退化生态区优化调控技术领域，包括以下步骤：将退化生态区划分为若干个子区域，并将子区域进行初始编号，生成初始子区域管理列表，对整个退化生态区进行分区管理；将每个划分后的子区域再次划分为若干个子子区域，并将划分后的子子区域进行顺序编号。本发明通过对子子区域内土壤和植物信息的处理与分析，生成优化调控隐患指数，通过优化调控隐患指数对退化生态区生物多样性恢复协同优化调控实时监控和评估，决策者可以有针对性地采取措施，调整土壤条件、植物群落结构，以及进行必要的生物多样性引入，最终实现生态系统的恢复与协同优化调控。