本发明提供一种MEMS器件及其制备方法、电子装置，该方法包括：提供基底，在基底的第一表面上形成有第一牺牲层；在第一牺牲层上依次形成第一保护层、振膜、第二保护层、第二牺牲层和背板层；自基底的第二表面所述第一牺牲层以形成第一腔体，去除第二牺牲层以形成第二腔体，第一腔体露出第一保护层，第二腔体露出第二保护层；去除第一腔体中露出的第一保护层，并去除第二腔体中露出的第二保护层。本发明方案通过形成第一保护层与第二保护层，并先去除第一牺牲层以形成第一腔体以及去除第二牺牲层以形成第二腔体，再去除露出的第一保护层与第二保护层以露出振膜，能够避免对振膜造成损伤，并且能够降低吸合电压的波动，进而提高了产品良率。