本发明涉及一种利用电极极性反转进行沼液养分回收及脱色的方法，包括以下步骤：S1：设置电化学反应器；S2：在电化学反应器中分别以沼渣炭电极为阳极和以镁合金电极为阴极，并在电化学反应器中装电解液；S3：使沼渣炭电极和镁合金电极通电以调节电解液的pH值，电解液酸解沼渣炭电极中的磷；S4：反转电源正负极性，分别以沼渣炭电极为阴极和以镁合金电极为阳极，使沼渣炭电极和镁合金电极通电以调节电解液的pH值，电解液酸解镁合金电极中的Mg2+，使Mg2+和NH4+与PO43‑、HPO42‑、H2PO4‑反应形成磷酸铵镁沉淀，获得含有鸟粪石的混合物沉淀和上清液。本发明的方法能够回收沼液中99%的磷及87%的氮，能够显著降低沼液色度，属于养殖废弃物中养分回收技术领域。