本发明涉及QSPI Flash程序固化技术领域，特别涉及一种基于串口的QSPI Flash程序固化系统及其方法。包括如下步骤：在主控芯片上电后运行片内ROMCODE，ROMCODE的启动log输出到调试机的串口终端上，根据用户在串口终端输入的指令，ROMCODE进入串口程序加载模式，调试机通过串口终端向主控芯片发送QSPI Flash程序固化软件；QSPI Flash程序固化软件从主控芯片的片内SRAM开始运行，完成硬件初始化和用户命令执行功能，以实现QSPI Flash程序固化；本发明以解决QSPI Flash程序固化成本高、操作复杂、效率低的问题。