本发明公开了一种基于MAOA算法的电氢综合能源系统双层优化调度方法，涉及综合能源系统优化调度技术领域，包括以下步骤：收集所需场景的出力数据和负荷数据；建立电氢综合能源系统的数学模型；确定电氢综合能源系统的能量平衡约束条件；建立电氢综合能源系统的上层优化配置模型，并采用MAOA算法进行优化求解；建立电氢综合能源系统的能量不平衡约束条件；建立电氢综合能源系统的下层优化配置模型，对电氢综合能源系统进行优化调度；对优化调度结果进行评价。本发明解决了现有电氢综合能源系统存在的能源浪费和能源过剩的问题。