本发明涉及数字分频电路技术领域，具体涉及一种编码器小数分频的方法及系统，步骤如下:S1.施密特触发器接收编码器的脉冲信号；S2.时钟同步电路根据时钟CLK信号，将施密特触发器整形后的脉冲信号进行时钟同步；S3.累积计数分频电路根据脉宽计数器得到时钟同步后脉冲信号相邻周期的时钟计数值，利用时钟计数值乘以分频系数，得到分频后的脉冲周期，通过累积计数器实现计数，从而获得分频后的单时钟周期脉冲；S4.脉冲延展电路将累积计数分频电路输出的单时钟周期脉冲延展为指定宽度或根据脉宽计数器输出进行动态调整，得到分频输出的延展脉冲信号。通过对分频误差不断修正方法，从而达到较为准确计数的目标，可有效提高分频的准确性。