本发明公开了基于中长期径流预测与互馈的生态流量保障方法及系统，涉及水文预测和分析技术领域，包括：基于多源降水预测数据开展数据融合，得到生态流量考核断面以上流域的中长期降水预测融合数据；考虑生态流量考核断面以上的水工程和取用水设施，构建考虑水工程调蓄和取用水设施的水文模型；以气象融合数据作为水文模型输入，得到生态流量考核断面中长期径流预测成果；根据生态流量考核断面中长期径流预测成果和生态流量保障目标，得到目标断面对应的生态流量达标程度；针对生态流量不达标时段，拟定上游水工程和取用水设施联合调度与管控方式，保障下游生态流量；本发明能够预判生态流量考核断面的流量满足程度，提高生态流量保障率。