本发明公开了一种两级式光伏并网低电压穿越方法及系统，包括：在光伏并网发电系统的直流母线处并联卸荷电路和超级电容储能装置；通过获取直流母线电压和电网电压，判断电网是否发生低电压故障；若是，控制卸荷电路和超级电容储能装置共同工作来吸收系统的不平衡功率；在低电压穿越过程中，若检测到超级电容的端电压超过设定阈值，则超级电容储能装置退出工作，由卸荷电路单独吸收不平衡功率。与传统的控制方法相比，本发明可灵活选择超级电容和卸荷电路吸收的功率，在降低系统损耗，减少系统设计成本的同时，保证系统直流母线电压的稳定，提高可靠性。