本申请提供了一种燃料电池空压机冷却系统，所属燃料电池空压机冷却技术领域，包括：主体、一级压缩端、冷气出口和二级压缩端；通过使一级压缩端与主体内部的腔室连通，以通过冷气通道将一级压缩端内的一级压缩气引入空压机的主体内部，直接使用一级叶轮压缩后的气体作为空压机主体内部的冷却气体供给，对空压机内部零件进行冷却，代替传统结构的连接管路结构，消除了因连接管路老化、磕碰损坏等隐患所将带来的冷却气供应失败，致使空压机整体损坏等风险，提高了空压机运行的安全性；同时，直接从空压机内部引入冷却气，缩短了冷却气的路径，提高了对空压机的冷却效率和效果。