本发明实施例提供一种混合拓扑工业总线系统的从节点同步方法及系统，属于工业自动化领域。该方法包括：从混合拓扑网络上选取一节点作为同步源节点，并确定同步源节点的本地时钟；将同步源节点的本地时钟发送到总线网络上，并由总线网络将同步源节点的本地时钟下发至混合拓扑网络上除同步源节点外的剩余各从节点，以使除同步源节点外的剩余各从节点在接收到同步源节点的本地时钟时，根据各自的物理层芯片的延时修正自身的本地时钟进行同步。这样可以精确同步分布节点之间的动作，克服各从节点的晶振受温度等因素影响产生漂移的影响，保证各节点时间的一致性，实现高端装备多轴同步动作的需求。