本发明属于海洋工程装备技术领域，尤其涉及一种变维度深度融合匹配导航方法及系统，测量载体所在位置的重力异常值#imgabs0#，光泵磁力仪实时测量载体所在位置的磁场总场强度#imgabs1#，磁通门磁力仪实时测量载体所在位置的磁场三分量信息#imgabs2#、#imgabs3#和#imgabs4#；惯导解算得到载体的位置#imgabs5#，并确定基准图搜索范围#imgabs6#；得到#imgabs7#，在基准图中搜索得到对应的搜索重力异常值#imgabs8#，磁场总场强度#imgabs9#，磁场三分量信息#imgabs10#、#imgabs11#和#imgabs12#；得到#imgabs13#和#imgabs14#，计算重力基准图的可匹配程度#imgabs15#，地磁总场基准图的可匹配程度#imgabs16#，以及地磁三分量基准图的可匹配程度#imgabs17#；将#imgabs18#、#imgabs19#和#imgabs20#与重力基准图可匹配度阈值#imgabs21#，地磁总场基准图可匹配度阈值#imgabs22#，以及地磁三分量基准图阈值#imgabs23#进行对比，得到量测维度#imgabs24#；将#imgabs25#、#imgabs26#、#imgabs27#、#imgabs28#、#imgabs29#，#imgabs30#，#imgabs31#、#imgabs32#、#imgabs33#、#imgabs34#、#imgabs35#，#imgabs36#带入算法，输出匹配后的高精度位置#imgabs37#。