本发明公开了一种长基线高时间同步精度测试方法及装置，所述方法包括：主站、从站各将本地高稳定性原子钟作为参考信号源，测量获得参考时间源与时间同步系统之间的时差，主站、从站通过卫星双向比对时间频率传递，获取主从两站之间参考时间源的时差，通过差分计算获得时间同步系统的长基线时间同步精度。本发明的长基线高时间同步精度测试方法通过本地时差比对测试以及卫星双向系统长基线比对测试，计算获得本地时间同步系统与远端时间同步系统之间的时间同步精度，从而实现对实时驾驭信号的时间同步精度测试。