本发明涉及一种综合利用金枪鱼皮制备胶原蛋白肽的方法，属于生物技术领域，所述方法首先通过一步酶解法实现对金枪鱼皮组织的降解，通过对提取液进行三相分离，获得油相为粗金枪鱼油，水相作为制备金枪鱼皮胶原蛋白肽的原料；鱼皮组织降解后剩余物主要为金枪鱼鳞，占比达总量40％以上，通过微波超声协同提取方法替代传统的加热提取，实现对鱼鳞原料中胶原蛋白组分的高效提取，缩短提取时间提升产物提取率10％以上，同时极大的提高提取效率，提升了产物品质；本方法为金枪鱼皮整体资源提供了一种加工新模式，可实现金枪鱼皮资源的高值高效综合利用。