本发明公开了基于北斗三号短报文的水文气象数据传输方法及系统，该方法包括以下步骤：采集水文气象数据、精确定位数据及时间数据；对水文气象数据、精确定位数据及时间数据进行编码，将水文气象数据、精确定位数据及时间数据编码为一条原始短报文；对原始短报文进行加密，根据加密后的数据生成北斗短报文；使用北斗三号系统将北斗短报文发送至设定的接收端；接收北斗三号系统返回的反馈消息，根据所述反馈消息判断北斗短报文的发送状态；若发送成功，则进入空闲状态等待下一次发送指令；若发送失败，则在设定的时间后再次发送，重试指定的次数后，进入空闲状态等待下一次发送指令。本发明可安全传输水文气象数据，并简化接收端对数据的处理。