本发明公开了一种基于侵入特征指数的砂岩储层含气饱和度计算方法及其系统，属于深层碎屑岩储层评价技术领域。该方法的具体步骤为：利用采集的阵列感应电阻率曲线构建侵入特征指数；基于岩性密度测井曲线、测井自然能谱钍曲线和侵入特征指数获得储层段孔隙结构表征参数；根据储层段孔隙结构表征参数，获得储层不同孔隙结构下的胶结指数m；综合阵列感应电阻率、岩性密度测井、自然能谱测井、侵入特征指数、储层段孔隙结构表征参数和储层不同孔隙结构下的胶结指数m，反演得到深层砂岩储层含气饱和度。该方法准确率高，能够有效解决由于缺少核磁、压汞实验数据及核磁共振测井资料而无法实现储层孔隙结构和含气饱和度评价的问题。