本申请公开了一种核酸质谱数据的解压方法，涉及数据处理技术领域。该方法包括：步骤A、查找文件：根据目标文件名，在文件系统里面查找出该文件的文件地址，如果找到该文件则执行步骤B；步骤B、读取频谱：读取频谱文件，如果读取成功则执行步骤C；步骤C、解压频谱：使用解压方法将原始频谱数据解压成通用频谱数据，如果解压成功则执行步骤D；步骤D、第三方软件预览频谱：把解压后的通用频谱数据在第三方软件中预览打开，如果预览成功则执行步骤E；步骤E、关闭文件：关闭目标文件流。本申请实现将频谱数据高效解压成通用二维数据，使第三方软件系统可以直接集成解压后的数据，更利于软件厂商的集成开发，同时给系统使用者提供极大便利。