本发明提供一种应用于大分子量蛋白突变位点靶向药物筛查的方法，包括：获取大分子量的受体蛋白结构和氨基酸序列，利用计算机软件将受体蛋白分割为若干个片段得到优化的受体片段蛋白结构；收集可能对受体蛋白产生影响的药物分子进行对接初筛和能量最小化优化得到优化的配体结构；运行分子对接软件对接程序，将优化后的受体片段蛋白结构与配体结构分子对接；建立药物与受体蛋白靶向作用位点的映射关系数据库；利用软件建立点突变蛋白片段，获得对该突变产生作用的高评分药物分子，实现蛋白突变位点靶向药物筛查。本发明以计算机开源软件为基础，设计了基于蛋白片段的蛋白‑小分子药物对接筛查方式，用以筛查药物分子在大分子量蛋白上的结合位点。