本申请公开了一种玫瑰花瓣花青苷合成基因表达水平预测模型建立方法，对不同花色的玫瑰花瓣进行采集并获取花瓣色度值信息及相对应的花瓣中花青苷合成基因表达量的测定；通过测定花青苷合成关键基因的表达量形成基因表达水平标签集合，得到因变量数据集；将花瓣色度值信息形成色度值数据集合，对色度值数据集合中的指标标准化处理后进行主成分分析；选取满足预设条件的前两个主成分并构建前两个主成分的载荷矩阵，计算平方项和前两个主成分交叉乘积项，得到自变量数据集；根据自变量数据集和因变量数据集，利用逐步线性回归法构建预测模型后完成玫瑰花青苷合成基因表达水平的预测评估。该模型检测速度快精度高，为基因工程分析提供可靠的技术保障。