本发明公开了一种深度渗透结晶自愈型防水材料、制备方法及其应用，该防水材料包括水泥基材料组分、活性组分、再水化封堵组分以及功能组分。使用时，活性组分、再水化封堵组分可迁移进入混凝土内部，并且两组分相互反应，功能组分可为活性组分和再水化封堵组分提供化学反应的水分，三者相互反应和协同作用，可生成纤维状或树枝状水化产物，有效封堵、细化和封闭孔隙。再者，部分微胶囊会被裂缝贯通而释放出芯材，固化后起到封堵、阻断和填充裂缝或孔隙的作用；部分活性组分和再水化封堵组分可进行再次水化反应，起到强化混凝土表层硬度、提高微观结构致密度、减少孔隙率和裂缝自愈合的作用，从而有效提高混凝土结构表层防水和耐久性能。