本发明涉及农药残留检测技术领域，尤其涉及一种用于农药残留检测的磁性荧光金属有机骨架的制备方法及应用，所述制备方法包括以下步骤：将六水氯化铁、醋酸钠、聚乙二醇和乙二醇混合，进行水热反应，得到磁性颗粒Fe3O4；然后将硝酸锌、咪唑‑2‑甲醛、磁性颗粒Fe3O4和荧光染料混合，得到包裹磁性颗粒Fe3O4和荧光的锌金属有机骨架Fe3O4@RhB@ZIF90；最后将乙酰胆碱酯酶与之混合，得到磁性荧光金属有机骨架Fe3O4@RhB@ZIF90@AChE。本发明首次使用磁性荧光金属有机骨架Fe3O4@RhB@ZIF90@AChE应用于农药残留的检测，成本低廉、操作简单，摆脱了传统比色法的色素、样品残渣等干扰，并且本发明反应体系稳定，检测结果更加灵敏、准确。