本发明公开了一种细胞内来源的纳米囊泡的制备方法及应用，特别是作为药物载体的应用。所述方法可高效富集来源于细胞内的纳米囊泡，所得细胞内纳米囊泡，相较从细胞上清液中分离的以外泌体为主要成分的小细胞外囊泡，具有不同的脂质、蛋白质和核酸成分，产量更大，粒径较小，粒径分布范围窄，在不同温度下更稳定，其作为载体负载药物时具有更高的包封率和载药率，在体内给药更容易被组织吸收，例如在玻璃体腔注射形式下负载的药物可更快被视网膜吸收，在医药领域中具有非常好的应用和研究价值。