本发明涉及一种用于电助力自行车的充电方法、系统和电助力自行车，其中，方法包括将电助力自行车中的两组电池设为主电池和从电池，充电器充电时先对电池发送握手报文，电池向充电器回复握手报文，充电器收到电池回复的握手报文后，停止发送握手报文，转为定时向电池发送充电报文，电池收到充电器发送的充电报文后则进行充电，其中，充电方式包括四种类型，分别为主电池单独充电方法、主电池和从电池均要进行充电方法、从电池单独充电方法、从电池先充电，主电池后接入进行充电方法。本发明解决了充电器一充二问题。