本发明涉及一种消除细晶的草甘膦间歇结晶的方法及其装置系统，所述方法包括以下步骤：(1)将草甘膦脱醇液在结晶釜中进行第一次结晶，得到结晶料液；(2)将步骤(1)得到的所述结晶料液中的上层部分加入至调碱釜进行调碱，得到第一混合料液；(3)将步骤(2)得到的所述第一混合料液与结晶釜中剩余的结晶料液进行混合，然后依次进行第二次结晶、固液分离和洗涤，得到草甘膦固体。本发明提供的方法及其装置系统能够得到粒径较大且粒度分布均匀的草甘膦固体。