本发明涉及一种芳纶纺丝后处理系统和后处理方法，属于纺织技术领域，后处理系统包括：烘干装置、牵伸装置和定型装置；烘干装置、牵伸装置和定型装置沿芳纶纺丝进料方向设置多个微波加热器和红外测温装置。本发明采用微波加热解决纤维受热均匀性不高的问题，以及烘干辊和电热箱的能耗损失过大的问题，采用优选的温控程序能够减少烘干腔室、热牵伸腔室和定型腔室中纤维温度变化，提高温控精度，进而减少纤度、断裂强度、纤维模量和断裂伸长率的CV值，提高纤维产品性能，解决了现有芳纶纤维的温度检测精度和温度控制精度差的问题。