本发明属于一般物理系统的协同控制技术领域，具体提供一种抗输入饱和的协同控制器设计方法，包括：建立非线性系统和参考系统的数学模型，确定输入饱和上下界和控制目标；在无输入饱和的情况，根据非线性系统模型和控制目标设计分布式协同控制器；在无输入饱和的情况，基于李雅普诺夫稳定性理论分析闭环系统的有界性；考虑输入存在饱和情况，基于无饱和情况有界性分析结果，提出离线的参数可行性判据，判断选取的控制器参数能否在实现控制目标的同时，避免输入饱和发生。其所设计的分布式协同控制器可在有向通信拓扑下实现协同编队控制；给出可行性判据，可离线判断选取的控制器参数能否在指定输入饱和约束下实现给定控制任务，具有较强应用价值。