本发明属于气象卫星数据处理技术领域，具体涉及一种气象卫星数据处理方法、系统及存储介质，本发明在由气象卫星搭载气象传感器对待监测区域进行大气观测的同时利用气象无人机和地面监测站进行大气监测，并通过将监测结果进行多源数据融合对比识别出异常数据，进而分析异常波及程度，从而据此针对性选取异常数据的修正方式，大大提高了异常数据的修正适用性和修正合理性，能够最大限度保障气象卫星观测数据的空间和时间连续性，与此同时在识别到气象卫星数据存在异常时增加了异常数据异常原因的预测，能够为气象卫星观测处理提供针对性目标，有利于气象卫星观测数据的持续可靠性和使用价值。