本发明公开了一种基于卷积时间格网的湖泊面积插值方法及系统，包括提取研究区各湖泊的月度湖泊面积，利用箱线图方法剔除月度湖泊面积异常值，利用时间格网将一维的湖泊面积序列转换到二维的时间‑面积矩阵，利用自适应加权卷积的方式确定缺失时间点的湖泊面积。本发明中自适应加权卷积的权重是根据提取出的时间‑面积矩阵中各个数据与目标时间点的距离确定的，能够更全面地揭示湖泊面积的变化趋势，确保了对缺失数据的准确估算。本发明能够很好的计算出数据连续缺失情况下的湖泊面积，相较于传统的插值方法精度更高，适应性更强。