本发明涉及一种发酵火麻籽的方法。发酵火麻籽的方法包括以下步骤：对火麻籽灭菌处理，灭菌处理条件为121℃灭菌30分钟；利用米根霉发酵火麻籽，发酵条件包括：米根霉接种量2％‑10％、含水量8％‑43％；发酵温度20‑35℃；发酵时间4‑20h。利用发酵火麻籽得到的混合物可以制备米根霉发酵火麻籽超微粉。采用上述方法制备的发酵火麻籽以及米根霉发酵火麻籽超微粉可以用于医药、食品、保健品等领域，用于制备降血脂产品、降血糖产品、抗氧化等产品。本发明提供的方法制备的发酵火麻籽以及其超微粉具有药效更强、自由基清除效果更好、更利于生产应用等优点。