一种汉麻护肝肽分离纯化装置及其使用方法，肽分离纯化用装置领域，通过设置混合装置可以对汉麻护肝肽原材与试剂和水进行充分的混合；通过设置压制单元可以对汉麻护肝肽混合液进行快速的分离提纯；通过设置抽水组件与喷淋组件，可以对分离提纯后的汉麻原材料进行清理，同时也可以对粘附在底板上的残渣进行清理。步骤为：将汉麻原材料、试剂和水投入混合箱内部进行混合；将电动伸缩杆通电伸长，带动压盘贴着外壳内壁向下移动对混合液进行分离；通过拉杆限位橡胶板，使橡胶板贴着空心管内壁滑动进而产生抽力，将水箱内的水抽入至空腔内；接触柱推动锥形塞二移动，锥形塞一与锥形孔分离产生间隙，空腔内水对底板进行冲洗。