本发明提供的一种荸荠皮内生酵母菌WCF016及其分离方法和应用，保藏编号为CCTCCNo:M 20232595，本发明通过荸荠皮培养，经过分离筛选，获得荸荠皮内生酵母菌WCF016，其提取液对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌具有良好的拮抗效果，尤以对金黄色葡萄球菌的抑菌圈直径最大，可达22.67±0.58mm，因而具有良好的应用前景。同时，本发明提供的荸荠皮内生酵母菌WCF016接种于荸荠酵素中，具有显著增强荸荠酵素抑菌活性的能力，在实际应用中可望减少防腐剂的添加。