本发明属于知识图谱联邦学习领域，公开了一种异构联邦环境下的知识图谱嵌入方法，包括：在服务端构建一组用于表征客户端对应知识图谱通用结构特征的结构基，并将初始化的结构网络参数和结构基嵌入下发至各客户端，各客户端仅将本地训练后的结构网络参数和结构基嵌入上传至服务端进行聚合，服务端仅维护结构网络参数和结构基嵌入，由客户端本地维护包含隐私信息的特征表示模块的网络参数，由于结构网络和结构基的通用性，该操作避免了隐私泄露。本发明在不使用对齐实体集合的情况下，高效利用了不同客户端持有的知识图谱，能够提升知识图谱补全任务的效果，解决了现有联邦知识图谱嵌入场景下，对齐实体的缺乏及其直接聚合带来的嵌入漂移问题。