本发明公开了一种基于量子通信的后量子密码系统及其通信方法，属于通信安全技术领域。系统包括：通信端，包括发送端和接收端；量子信道，发送端和接收端基于通信协议在量子信道上进行通信，采用后量子数字签名技术在待传输信息上签名，并将待传输信息及其签名共同编码于光子束上，基于后量子数字签名技术的“签名‑验签”机制实现量子信道上的合法身份认证；所述的合法身份认证在单一量子信道上独立完成；经典信道，其用于在量子信道上合法身份认证通过之后，发送端和接收端基于对称密钥在经典信道上继续执行加密通信。本发明的量子信道具备信息传输的安全性和完善的身份认证机制，系统结合了量子通信高安全性和经典通信高传输速率的特点。