本发明涉及定位测速技术领域，公开了一种超声速磁悬浮设备定位测速误差补偿方法及系统。其中，该方法包括：通过有限元仿真和地面振动试验，建立磁悬浮设备在不同运动加速度下的变形量模型，得到磁悬浮设备的变形量与加速度映射关系；获取磁悬浮设备的当前速度和当前位置；根据磁悬浮设备的当前速度计算磁悬浮设备的当前加速度；根据磁悬浮设备的当前加速度和变形量与加速度映射关系计算磁悬浮设备当前的变形量；根据磁悬浮设备的当前变形量对磁悬浮设备的当前位置进行误差补偿。由此，能够解决现有技术中没有合适的误差补偿方法实现超声速、大过载磁悬浮设备定位测速误差补偿的技术问题。