本申请涉及一种海洋工程船舶冷却系统、及其控制方法、装置与设备，整个方案，获取海洋工程船舶冷却系统中换热旁通管线流量；计算换热旁通管线流量与海洋工程船舶冷却系统中淡水冷却循环泵排量比值；若比值小于预设旁通流量阈值，则控制海洋工程船舶冷却系统中2台海水冷却泵启动；若比值不小于预设旁通流量阈值，则控制海洋工程船舶冷却系统中单台海水冷却泵启动。整个方案可以基于换热旁通管线流量和预设旁通流量阈值动态调整启动海水冷却泵的数量，避免多余海水冷却泵启动造成能量浪费，可以实现节能的目的。