本发明提出了一种筛选合生元的方法及应用，筛选合生元的方法如下：S1，用培养基纯化益生菌作为发酵菌源，并将发酵菌源与含有益生元的培养基混合，进行厌氧发酵；S2，收集动物不同生长阶段的新鲜粪便，加入无菌生理盐水，制备粪便发酵菌源；S3，猪粪便体外发酵：将步骤S1混合后的合生元、步骤S2的粪便发酵菌源和发酵营养液加入发酵瓶中厌氧发酵；S4，筛选指标：测定步骤S1发酵结束后发酵液中微生物的OD值，测定步骤S3发酵结束后短链脂肪酸含量，并对发酵液中微生物的DNA测序，分析测定结果，筛选合生元组合。本申请选择动物不同生产阶段的新鲜粪便作为筛选合生元的发酵菌源，与动物生长阶段相一致，能更加准确地筛选有效的合生元。