本发明涉及图像处理技术领域，具体公开了一种MRI影像与CBCT影像的配准方法，包括：S1、对CBCT影像及其配对的CT影像、MRI影像中的椎节进行标注，分割得到对应的椎节影像；S2、通过S1得到若干组配对的CBCT椎节影像和CT椎节影像，进行配准，以CT椎节影像和CBCT椎节影像作为样本集训练得到增强推理模型；S3、将经S1处理后的CBCT椎节影像输入增强推理模型对进行增强，将增强结果和与其配对的MRI椎节影像作为训练样本对进行训练得到配准推理模型；S4、将经S1处理后的待配准的CBCT椎节影像和MRI椎节影像输入至配准推理模型，得到配准结果。本发明能够增强术中的CBCT影像，将术前规划及诊断与术中手术场景关联，缩短医生诊断及规划、手术的时间。