本发明提供了一种本征硅钝化层及其制备方法和应用。所述制备方法包括以下步骤：在硅衬底表面沉积第一子钝化层，在第一子钝化层表面沉积第二子钝化层，得到本征硅钝化层；其中，所述第一子钝化层的沉积工艺气体包括氩气和硅烷，所述第二子钝化层的沉积工艺气体包括硅烷和氢气。本发明提供的制备方法，制备过程中掺入氩气，可解决制备过程中镀膜缺角及放电不稳定现象，同时可提高镀膜均匀性，提升镀膜沉积速率，并且降低了硅烷气体用量，并且改善了钝化层膜层的质量。