本发明涉及电力系统技术领域，特别涉及一种基于碳排放流理论的柔性配电网低碳优化运行方法，上述方法包括：基于碳排放流理论的电力系统碳排放量的计算方法，得到柔性配电网全网的碳流分布；构建柔性配电网的交流潮流模型，将安装智能软开关的支路视为一条运行有功功率通过且可以发出无功的支路，求解柔性配电网的有功潮流分布；统计柔性配电网上级电网及各分布式电源的有功出力以及碳排放强度、装有智能软开关线路的功率，结合碳排放流理论，得到柔性配电网全网支路的碳流分布和各负荷节点的碳流率。本发明提供的方法可快速、准确地求解出柔性配电网低碳优化运行时全网的潮流分布以及碳排放流分布。