本申请公开了一种禽流感细胞苗超滤浓缩系统及其运行方法，属于生物医药技术领域，包括：第一缓冲罐，第二缓冲罐，第三缓冲罐，离心机和超滤浓缩机；各缓冲罐之间互相连通，且均分别与离心机和超滤浓缩机连通；其中，第一缓冲罐用于存放病毒液；第二缓冲罐用于存放离心后的病毒液；第三缓冲罐用于存放浓缩后的病毒液，或用于存放离心后的病毒液和浓缩后的病毒液；离心机用于对第一缓冲罐存放的病毒液进行离心；超滤浓缩机用于对第二缓冲罐和/或第三缓冲罐存放的病毒液进行浓缩，并通过回流端将浓缩后的病毒液回流至第三缓冲罐，还用于通过透过端输出浓缩过程结束后得到的病毒液。本申请提供的系统自动化程度大幅提高，提升了工作效率。