本发明公开了一种光电跟踪控制方法、装置、系统及存储介质，属于光电跟踪技术领域，方法包括：利用预构建的反馈复合控制器进行光电跟踪控制，实现光电跟踪系统干扰抑制；其中，所述反馈复合控制器是利用预构建的谐波干扰观测器进行干扰观测，获取具有先验频率信息的谐波干扰估计值，利用预构建的扩张状态观测器进行干扰观测，获取光电跟踪系统有界可微的未知干扰估计值，基于谐波干扰估计值和未知干扰估计值构建的。该方法能够实现分层干扰估计，提高光电跟踪系统视轴稳定精度。