本发明提供的一种固体氧化物燃料电池电堆温度控制系统，包括燃料控制模块用于供应燃料气和氧化剂，并控制燃料气和氧化剂的供应量；燃料电池电堆模块用于将反应后的燃料气和氧化剂转化成电能；温度显示控制模块用于通过颜色变化显示燃料电池电堆的温度值变化，并且可控制燃料电池电堆的温度值；其中，包括降温控制单元用于通过模拟退火算法对燃料电池电堆进行降温；数据监测模块用于实时监测燃料电池电堆、燃料气和氧化剂的数据信息；安全监控模块获取数据信息，再根据数据信息判断燃料电池电堆运行状况；用户控制模块用于用户可以操控整个系统的运行状态。本发明使用模拟退火算法提高了降温的控制效率，保护电池。