本发明涉及海藻糖制备技术领域，具体提供一种提高海藻糖收率的新工艺。本发明以海藻糖酶法转化液，以及海藻糖酶法转化液经一次回收海藻糖后色谱分离的海藻糖液作为混合液，经脱色、电渗析脱盐获得脱盐液；在脱盐液中海藻糖含量为90‑97％，总糖浓度为60‑65％时，进行结晶，获得结晶浓缩液；对结晶浓缩液进行离心分离，固体部分进行干燥获得海藻糖结晶；液体部分作为一次母液用生产海藻糖液。本发明所提供的新工艺，可以有效提高海藻糖酶法转化液的海藻糖回收率，并提高了海藻糖的纯度。